Ислам Конференциясы Ұйымының органдары мыналар болып табылады: 1. Ислам саммиті; 2. Сыртқы істер министрлері кеңесі; 3. Тұрақты комитеттер; 4. Атқарушы комитет; 5. Халықаралық ислам соты; 6. Адам құқықтары жөніндегі тәуелсіз тұрақты комиссия; 7. Тұрақты өкілдер комитеті; 8. Бас хатшылық; 9. Қосалқы органдар; 10. Мамандандырылған мекемелер; 11. Үлестес ұйымдар.