Мемлекеттік шекара арқылы өткізу жүзеге асырылатын өзге де орындарда өткізуді Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің Шекара қызметі Қазақстан Республикасының заңнамасында белгіленген тәртіпті сақтай отырып:
1) төтенше жағдайларды және олардың салдарын жою кезінде жүргізілетін іс-шараларға тартылған кемелерге, сондай-ақ Қазақстан Республикасының Үкіметі айқындаған басым жобаларды іске асыру шеңберінде тартылған кемелерге;
2) өздерінің салмақтық және (немесе) габариттік өлшемдері бойынша рұқсат етілген нормалардан асатын және автомобиль өткізу пункті арқылы жүріп өте алмайтын, жүгі бар немесе жүгі жоқ автокөлік құралдарына қатысты жүзеге асырады. Осы санаттағы көлік құралдарын өткізу тікелей өткізу пунктіне іргелес жатқан жергілікті жердің учаскесінде жүзеге асырылады;
3) өткізу пунктінің инфрақұрылымы белгіленген бақылау түрлерін жүргізу үшін қажетті уақытқа теміржол көлігі құралдарының аялдау мүмкіндігін қамтамасыз етпейтін не өткізу пунктін ашу экономикалық жағынан орынсыз болған жағдайларда, теміржол көлігі құралдарына қатысты жүзеге асырады. Осы санаттағы көлік құралдарын өткізу қажетті инфрақұрылымы бар, өткізу пунктіне жақын станцияда не жүру жолында жүзеге асырылады;
4) Қазақстан Республикасының шектес мемлекеттермен шекаралық ынтымақтастығының халықаралық орталықтары шегінде Мемлекеттік шекараны кесіп өтетін адамдарға, Мемлекеттік шекара арқылы өткізілетін көлік құралдарына, жүктер мен тауарларға қатысты жүзеге асырады. Бұл ретте Қазақстан Республикасының құқық қорғау және арнаулы мемлекеттік органдарының қызметкерлерін шектері Еуразиялық экономикалық одақтың кедендік шекарасының учаскелерімен толық немесе ішінара тұспа-тұс келетін арнайы экономикалық аймақ шегінде қызметтік міндеттерді шешу үшін Мемлекеттік шекара арқылы өткізу олардың орналасуына сәйкес келетін Қазақстан Республикасы аумақтық құқық қорғау немесе арнаулы мемлекеттік органының бірінші басшысы (оны алмастыратын адам) қол қойған, Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің аумақтық органымен келісілген және Қазақстан Республикасының Ұлттық қауіпсіздік комитеті Шекара қызметінің осындай арнайы экономикалық аймақтың аумағында қызметін жүзеге асыратын аумақтық бөлімшесіне ұсынылған тізімдер негізінде қызметтік куәліктер бойынша жүзеге асырылады.