Ішкі және аумақтық суларда кәсіпшілік, зерттеу, іздестіру немесе өзге де қызметтің, оның ішінде континенттік қайраңның минералды немесе жанды ресурстарын сақтауға бағытталған қызметтің жүргізілуін бақылау осы қызметті Қазақстан Республикасының Ұлттық қауіпсіздік комитетімен, Қазақстан Республикасының Ішкі істер министрлігімен және Қазақстан Республикасының Қорғаныс министрлігімен бірлесіп жүзеге асыратын балық шаруашылығы саласындағы уәкілетті органға жүктеледі.