1) Мемлекеттік шекараны қорғауды қамтамасыз ету мәселелері бойынша нормативтік құқықтық актілерді шығарады;
2) Мемлекеттік шекараның инфрақұрылымын белгілеу тәртібін айқындайды;
3) Мемлекеттік шекараны санаттарға бөлу қағидаларын айқындайды;
4) шекаралық белдеудің, карантиндік белдеудің және шекаралық аймақтың шектерін белгілейді;
5) шекаралық белдеуге кіруге және онда болуға рұқсаттамалар беру тәртібін айқындайды;
6) аумақтық сулардың сыртқы шегін айқындау үшін бастапқы сызықтарды, сондай-ақ географиялық нүктелерді (негізгі геодезиялық деректерді көрсете отырып) белгілейді;
7) Мемлекеттік шекараның жекелеген учаскелерінде уақытша шектеулер енгізеді немесе оны кесіп өтуді тоқтатады;
8) карантин режимін енгізе отырып, карантиндік аймақты белгілеу немесе екі және одан көп облыстар аумағында оның күшін жою туралы шешім қабылдайды;
9) өткізу пункттерін ашу (жабу), олардың жұмыс істеуі (пайдаланылуы), оларды санаттарға бөлу, жіктеу, жайластыру қағидаларын, сондай-ақ техникалық жарақтандыру, жаңғырту және олардың жұмысын ұйымдастыру, сервистік инфрақұрылым жөніндегі талаптарды айқындайды;
10) өткізу пункттерінің тізбесін бекітеді;
10-1) Мемлекеттік шекара арқылы өткізу жүзеге асырылатын өзге де орындарды айқындайды;
10-2) Қазақстан Республикасы арқылы транзитпен аялдамай жүріп өтетін теміржол көлігі құралдарына қатысты Мемлекеттік шекараны кесіп өту кезінде шекаралық, кедендік және өзге де бақылау түрлерінен өтуден босату тәртібін Қазақстан Республикасының Ұлттық қауіпсіздік комитетімен келісу бойынша айқындайды;
10-3) жүру жолында жүзеге асырылатын, жолаушыларды теміржол көлігімен тасымалдау кезінде шекаралық, кедендік және өзге де бақылау түрлерін жүргізу тәртібін айқындайды;
11) халықаралық теміржол және автомобиль қатынасы жолдарының Мемлекеттік шекарадан өткізу пункттеріне дейінгі учаскелерін белгілеуге және жабдықтауға қойылатын талаптарды, олар бойынша жүру тәртібін, сондай-ақ Мемлекеттік шекарада орналасқан халықаралық шекара маңы ынтымақтастығы орталығы периметрінің қазақстандық бөлігін жабдықтауға қойылатын талаптарды белгілейді;
12) қазақстандық кемелердің ішкі және аумақтық суларда, балық аулау аймағында және континенттік қайраң үстінде кәсіпшілік қызметті жүргізу үшін Мемлекеттік шекараны бірнеше рет кесіп өтуіне рұқсаттар беру тәртібін, рұқсаттардың қолданылуының кеңістіктегі және уақыттық шектерін, сондай-ақ көрсетілген кемелерге бақылауды жүзеге асыру тәртібін айқындайды;
12-1) жер қойнауын пайдалану жөніндегі операцияларға және жер қойнауын пайдалану жөніндегі операцияларды қамтамасыз етуге тартылған қазақстандық және шетелдік кемелер мен қазақстандық әуе кемелерінің Мемлекеттік шекараны бірнеше рет кесіп өтуіне рұқсаттар беру тәртібін, рұқсаттарды қолданудың кеңістіктік және уақыттық шектерін, сондай-ақ көрсетілген кемелерге бақылауды жүзеге асыру тәртібін айқындайды;
13) жергілікті атқарушы органдардың Қазақстан Республикасының Ұлттық қауіпсіздік комитетімен және Қазақстан Республикасының Ішкі істер министрлігімен келісілген ұсынуы бойынша шекаралық режимге кіретін жекелеген шектеулердің қолданысы алып тасталуы немесе тоқтатыла тұруы мүмкін шекаралық аймаққа кіретін шекара маңы аумақтарының тізбесін белгілейді;
14) өткізу пункттерінде жүзеге асырылатын шаруашылық және өзге де қызмет түрлерінің тізбесін белгілейді;
15) шекара белгілерінің нысандарын, көлемдерін, сипаттамасын, конструкциясын және оларды орнату тәртібін айқындайды;
16) аумақтық сулардағы теңіз дәліздерін және қозғалыстарды бөлу схемаларын белгілейді;
18) шекаралық кеңістік шегінде Мемлекеттік шекараны қорғауға азаматтарды тарту қағидаларын бекітеді;
19) Қазақстан Республикасының Конституциясында, заңдарында және Қазақстан Республикасы Президентінің актілерінде көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асырады.