Мемлекеттік шекараны қорғау үшін қолданылған кезде Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің Әскери-теңіз Күштері:
1) Мемлекеттік шекараны су астындағы ортада кесіп өтуге бақылауды жүзеге асыруға қатысады;
2) Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің Шекара қызметіне Қазақстан Республикасының қауіпсіздігі мүддесінде қайыққа қарсы, оның ішінде су асты-диверсиялық қорғанысты жүзеге асыруға жәрдем көрсетеді;
3) Қазақстан Республикасының Заңдарында, Қазақстан Республикасы Президентінің және Қазақстан Республикасы Үкіметінің актілерінде көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асырады.