Тараптар Орталықтың қызметін бақылауды Кеңес арқылы жүзеге асырады. Кеңестің құрамына әр Тараптан құзыретті органның басшысы кіреді. Кеңес Орталық қызметінің стратегиялық бағыттарын айқындайды. Кеңестің функцияларына: Орталық қызметінің негізгі бағыттарын айқындау және төтенше жағдайлардың алдын алу мен оларды жоюға байланысты мәселелерді шешу кезінде жәрдемдесу; Орталық басшылығы лауазымына тағайындау үшін белгіленген талаптарға сай келетін кандидаттарды қарау мен келісу және оларды бекіту үшін оларды үкімет басшыларымен келісу; Орталықтың құрылымы мен штат кестесін бекіту; Орталықтың қызметін бақылау; Орталықтың алдында тұрған мақсаттар мен міндеттерге қол жеткізу үшін қажетті ресурстарды айқындау; бюджетті қалыптастыру, бекіту және оның атқарылуын бақылау; Орталықтың қызметі бойынша қаржылық және аудиторлық есептерді зерделеу; Орталық пен Тараптардың құзыретті органдары арасындағы даулы мәселелерді қарау; Орталықтың қызметін реттейтін нормативтік құқықтық актілерден туындайтын басқа да функциялар жатады. Кеңестің отырыстары қажет болуына қарай, бірақ жылына кем дегенде екі рет Алматы қаласындағы Орталықта немесе өзара уағдаластық бойынша басқа Тараптың аумағында өткізіледі. Кеңестің отырысында орыс әліпбиі тәртібімен 1 жыл мерзімге сайланатын Тараптың құзыретті органының басшысы төрағалық етеді. Кеңестің отырыстарында шешімдер консенсус негізінде қабылданады.