Түркі Академиясы халықаралық ұйым ретінде жұмыс істейді, оны басқаруды құрамына әрбір Тараптан бір-бір өкілден, сондай-ақ Түркі Академиясының Президенті және вице-президенттері кіретін Ғылыми Кеңес жүзеге асырады. Ғылыми Кеңеске төрағалық етуді Тараптар мемлекеттерінің ағылшын тіліндегі ресми атаулары бойынша алфавиттік тәртіпке сәйкес жыл сайын ротациялық негізде (кезектесе) Ғылыми Кеңес мүшелері жүзеге асырады. Ғылыми Кеңес көпшілік дауыспен шешім қабылдайды. Түркі Академиясы атқарушы органының функциясын Ғылыми Кеңестің ұсынысы бойынша Түркі Кеңесінің мемлекет басшылары кеңесі (бұдан әрі МБК деп аталатын) тағайындайтын Президент жүзеге асырады. Президенттің азаматтығы бар Тарап мемлекетін қоспағанда, вице-президенттер әрбір Тарап мемлекетінен тағайындалады. Президент Тараптар мемлекетінің азаматтары арасынан төрт жыл мерзімге қайта жаңарту негізінде тағайындалады. Тұңғыш Президент Қазақстан Республикасының азаматтары арасынан тағайындалады, келесі Президенттер Тараптардың ағылшын тіліндегі ресми атаулары бойынша алфавиттік тәртіпке сәйкес тағайындалады: Әзербайжан Республикасы, Қырғыз Республикасы және Түрік Республикасы. Президент кезек күттірмейтін шараларды талап ететін немесе іс-әрекетке қабілетсіздікке әкелетін науқас болған жағдайларда Ғылыми Кеңестің ұсынысы бойынша МБК шешімімен атқаратын лауазымынан шеттетілуі және/немесе босатылуы мүмкін. Вице-президенттерді Тараптар мемлекеттері азаматтары арасынан төрт жыл мерзімге қайта жаңарту негізінде Ғылыми Кеңес тағайындайды. Вице-президенттер кезек күттірмейтін шараларды талап ететін немесе іс-әрекетке қабілетсіздікке әкелетін науқас болған жағдайларда атқаратын лауазымынан шеттетілуі және/немесе босатылуы мүмкін. Ғылыми зерттеулердің бағыттарын Ғылыми Кеңес айқындайды. Ғылымға сіңірген еңбегін есепке ала отырып зерттеушілер тартуды Түркі Академиясы жүзеге асырады. Зерттеушілер зерттеулердің мақсаты мен міндеттеріне сәйкес келісімшарт негізінде белгілі бір мерзімге тартылады. Түркі Академиясының персоналын Президент тағайындайды.