Мемлекеттік аудит мынадай өзара байланысты кезеңдерден тұрады:
- 1) егер осы Заңда өзгеше белгіленбесе, тәуекелдерді басқару жүйесінің негізінде мемлекеттік аудит ұйымдастыруды көздейтін тиісті жылға арналған мемлекеттік аудит объектілерінің тізбесін қалыптастыру;
- 2) жеке мемлекеттік аудитті жоспарлау және оны жүргізу. Жеке мемлекеттік аудит жоспарланған кезде Қазақстан Республикасы Бюджет кодексінің 116-бабына сәйкес жүргізілетін ағымдағы бақылау нәтижелері ескеріледі;
- 3) мемлекеттік аудит нәтижелері бойынша шешімдер қабылдау және құжаттар жасау.