Қазақстан Республикасының Президенті бекіткен штат санының лимиті шегінде Жоғары аудиторлық палатаның іркіліссіз қызметін ұйымдастыру үшін Жоғары аудиторлық палатаның Төрағасы тағайындайтын, аппарат басшысы басқаратын Жоғары аудиторлық палатаның аппараты құрылады.