Кеден органдарына жүктелген міндеттердің орындалуын қамтамасыз ету мақсатында кеден органдары өз құзыреті шегінде мынадай функцияларды орындайды:
- 1) кедендік операцияларды жасау және оның ішінде, өзара әкімшілік көмек көрсету шеңберінде кедендік бақылауды жүргізу;
- 2) кедендік төлемдерді, сондай-ақ арнайы, демпингке қарсы, өтем баждарын өндіріп алу, оларды есептеу дұрыстығын және уақытында төлеуді бақылау, қайтару (есепке жатқызу) және оларды мәжбүрлі өндіріп алу бойынша шаралар қабылдау;
- 3) кедендік-тарифтік реттеу шараларының, тыйым салулар мен шектеулердің, Одақтың кедендік шекарасы арқылы өткізілетін тауарларға қатысты ішкі нарықты қорғау шараларының сақталуын қамтамасыз ету;
- 4) Одақтың кедендік шекарасы арқылы қолма-қол ақша қаражатын және (немесе) ақша құралдарының өткізілуіне кедендік бақылауды жүргізген кезде қылмыстық жолмен алынған кірістерді заңдастыруға (жылыстатуға) және терроризмді қаржыландыруға қарсы іс-қимыл;
- 5) қылмыстар мен әкімшілік құқық бұзушылықтардың алдын алу, анықтау және жолын кесу;
- 6) Одақтың кедендік аумағында зияткерлік меншік объектілерінің құқығын қорғау;
- 7) кедендік статистиканы жүргізу;
- 8) мүше мемлекеттердің заңнамасына сәйкес экспорттық, радиациялық және мемлекеттік бақылаудың (қадағалаудың) өзге де түрлерін жүзеге асыру.