Қауіпсіздік Кеңесінің функциялары мыналар болып табылады:
1) мемлекеттік органдар мен ұйымдардың елдің ұлттық қауіпсіздігі мен халықаралық ұстанымдарын, мемлекеттің қорғаныс қабілетін, заңдылық пен құқықтық тәртіпті қамтамасыз ету саласындағы іс-шараларды іске асыру жөніндегі қызметін үйлестіру;
2) ұлттық қауіпсіздікті қамтамасыз ету және Қауіпсіздік Кеңесінің шешімдерін іске асыру мақсатында құқық қорғау және арнаулы мемлекеттік органдардың қызметін үйлестіру;
3) ел дамуының аса маңызды бағыттары бойынша мемлекеттің стратегиялық құжаттарының орындалу жай-күйін мониторингтеу және бағалау;
4) мемлекеттік бағдарламаларды, заң жобаларын, маңызды сыртқы саяси және мемлекеттік мәні бар өзге де бастамаларды, сондай-ақ елдегі жағдайдың дамуын, әлемдік және өңірлік үрдістерді кешенді талдау және бағалау, ұлттық қауіпсіздіктің ішкі және сыртқы қатерлерін болжау, олардың алдын алу және оларды бейтараптандыру жөніндегі ұсыныстарды әзірлеу және шараларды айқындау;
5) Қазақстан Республикасы Үкіметінің ұлттық қауіпсіздікті, қорғаныс қабілетін, құқықтық тәртіпті қамтамасыз ету саласындағы қызметінің нәтижелері мен негізгі бағыттары туралы жыл сайынғы баяндамасын тыңдау;
6) елдің ұлттық қауіпсіздігі мен қорғаныс қабілетін қамтамасыз ету саласындағы мемлекеттік саясатты іске асыру мәселелері бойынша мемлекеттік органдардың бірінші басшыларын тыңдау;
7) Қазақстан Республикасының ұлттық қауіпсіздікті, қорғаныс қабілетін және құқықтық тәртіпті қамтамасыз ету саласындағы заңдарының орындалуын, оның ішінде осы мақсаттарға жұмсалатын қаражаттың тиімді пайдаланылуын бақылауды ұйымдастыру;
8) орталық және облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың және астананың жергілікті атқарушы органдарының, сондай-ақ Қазақстан Республикасының Президентіне тікелей бағынатын және есеп беретін мемлекеттік органдардың бірінші басшы лауазымдарына тағайындауға ұсынылатын кандидатураларды талқылау;
9) Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес өзге де функциялар.