Шекаралық қақтығыстарды шешу біржақты немесе бірлесіп тергеп-тексерулерді жүргізу, ақпарат алмасу немесе олардың нәтижелерін қарау, бірлесіп шешім қабылдау, себептер пен салдарды жою, кінәлі адамдарды жауаптылыққа тарту, сондай-ақ осы Келісімге сәйкес мемлекеттік шекара режимін қалпына келтіру арқылы жүзеге асырылады.