Уәкілетті орган арнайы экономикалық аймақтың басқарушы компаниясымен шарт жасасады, оның шеңберінде соңғысы өзіне арнайы экономикалық аймақтың басқарушы компаниясының функцияларын тиісінше орындау және шешуші көрсеткіштерге қол жеткізу жөнінде міндеттемелер қабылдайды.