Биологиялық қауіпсіздік мынадай қағидаттардың негізінде қамтамасыз етіледі:
1) патогенді биологиялық агенттермен тек қана әскери емес мақсаттарда жұмыс істеу: бактериологиялық (биологиялық) және уытты қаруды әзірлеу (жасау), өндіру (дайындау) және (немесе) оның қорларын жинақтау, пайдалану мақсатында патогенді биологиялық агенттермен жұмыс істеуге тыйым салынады;
2) биологиялық қатерлерді алдын ала тану: мемлекеттік органдар биологиялық қауіпсіздік саласындағы өкілеттіктерді іске асыру кезінде биологиялық қатерлер профилактикасының қажеттілігін басым тәртіппен басшылыққа алуға, биологиялық қауіпсіздік саласындағы есепке алу және мониторинг деректері негізінде биологиялық қатерлерді талдауға және болжауға тиіс;
3) патогенді биологиялық агенттермен жұмыс істеуді бақылауда ұстау: патогенді биологиялық агенттермен жұмыс істеу биологиялық қауіпсіздік саласындағы талаптарға сәйкес жүзеге асырылады, оларды сақтау биологиялық тәуекелдерді басқару, патогенді биологиялық агенттермен жұмыс істеуге рұқсат беру тәртібін қолдану, биологиялық қауіпсіздік саласындағы есепке алу, мониторингтеу және болжау (модельдеу), биологиялық қауіпсіздік саласындағы талаптардың сақталуын мемлекеттік бақылау және қадағалау шеңберінде қамтамасыз етіледі;
4) мемлекеттік реттеу шараларының мөлшерлес болуы: биологиялық қауіпсіздік саласындағы профилактика шаралары биологиялық факторлардың қауіптілік дәрежесіне, оның ішінде биологиялық қауіпсіздік саласындағы өлшемшарттар мен сыныптамаға сәйкес мөлшерлес болуға тиіс;
5) Қазақстан Республикасының ұлттық мүдделерінің басымдығы: халықаралық ынтымақтастық шеңберінде Қазақстан Республикасының ұлттық мүдделеріне сәйкес келмейтін, Қазақстан Республикасының ұлттық қауіпсіздігіне нұқсан келтіре алатын немесе Қазақстан Республикасының тәуелсіздігінен айыруға алып келетін міндеттемелерді қабылдауға жол берілмейді.