Уәкілетті органның құзыретіне мыналар жатады:
- 1) Семей ядролық қауіпсіздік аймағын құру және оның жұмыс істеуі саласындағы мемлекеттік саясатты іске асыру;
- 2) Семей ядролық қауіпсіздік аймағын құру және оның жұмыс істеуі саласындағы қызметті салааралық үйлестіруді жүзеге асыру;
- 3) кешенді экологиялық зерттеп-қарау жүргізуді ұйымдастыру;
- 4) Семей ядролық қауіпсіздік аймағы жер учаскелерінің шекаралары мен алаңдарын белгілеуді және оларды өзгертуді негіздейтін кешенді экологиялық зерттеп-қарау материалдарын келісу;
- 5) босалқы жерлерді ядролық қауіпсіздік аймағының жерлеріне ауыстыру қағидаларын әзірлеу және Қазақстан Республикасының Үкіметіне бекітуге ұсыну;
- 6) Қазақстан Республикасының Үкіметіне Семей ядролық қауіпсіздік аймағын құру туралы, оның жер учаскелерінің шекаралары мен алаңдарын белгілеу және өзгерту, босалқы жерлерді ядролық қауіпсіздік аймағының жерлеріне ауыстыру туралы ұсыныс енгізу;
- 7) Қазақстан Республикасының Үкіметіне уәкілетті ұйымды айқындау туралы ұсыныс енгізу;
- 8) уәкілетті ұйымның Семей ядролық қауіпсіздік аймағы жер учаскелерінің шекаралары мен алаңдарын өзгерту туралы ұсынысын келісу;
- 9) Семей ядролық қауіпсіздік аймағы аумағының паспортын әзірлеу және тіркеу (қайта тіркеу) қағидаларын әзірлеу және бекіту;
- 10) Семей ядролық қауіпсіздік аймағы аумағының паспортын тіркеу (қайта тіркеу);
- 11) қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті органмен келісу бойынша кешенді экологиялық зерттеп-қарау жүргізу әдістемесін әзірлеу және бекіту;
- 12) қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті органмен келісу бойынша Семей ядролық қауіпсіздік аймағында атмосфералық ауаның, жерасты және жерүсті суларының, топырақ пен өсімдіктердің радиоактивті ластану деңгейіне тұрақты мониторинг жүргізу, сондай-ақ радионуклидтердің таралу параметрлерін айқындау қағидаларын әзірлеу және бекіту;
- 13) осы Заңда, Қазақстан Республикасының өзге де заңдарында, Қазақстан Республикасы Президентінің және Қазақстан Республикасы Үкіметінің актілерінде көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асыру.