Ұлттық ғылым академиясының басқару органдары мыналар болып табылады:
- 1) жоғары орган – қамқоршылық кеңес (бұдан әрі – кеңес);
- 2) өкілді орган – Ұлттық ғылым академиясы академиктерінің жалпы жиналысы (бұдан әрі – жиналыс);
- 3) консультативтік-кеңесші орган – төралқа (бұдан әрі – төралқа);
- 4) атқарушы орган – басқарма (бұдан әрі – басқарма).
- 5) Ұлттық ғылым академиясының басқару органдары, олардың құрылымы, құзыреті, басқару органдарын қалыптастыру тәртібі, олардың мүшелерінің өкілеттік мерзімдері, олардың шешімдер қабылдау тәртібі Қазақстан Республикасының заңнамасында және мемлекеттік мүлік жөніндегі уәкілетті органмен келісу бойынша уәкілетті орган бекіткен Ұлттық ғылым академиясының жарғысында (бұдан әрі – жарғы) белгіленеді.