Жоғары ғылыми-техникалық комиссияның негізгі міндеттері мыналар болып табылады:
- 1) ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызметті дамытуға бағытталған стратегиялық міндеттер мен басымдықтарды қалыптастыру;
- 2) ғылымды дамытудың басым бағыттарын айқындау;
- 3) ғылым бағыттары бойынша іргелі және қолданбалы басым ғылыми зерттеулерді айқындау;
- 4) ұлттық ғылыми кеңестердің ұсыныстарын қарау;
- 5) мемлекеттік қорғаныстық тапсырыс шеңберінде қалыптастырылатын ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламаларды қоспағанда, ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызметке бюджет қаражаты есебінен қаржыландыру көлемдерін айқындау және ғылымды дамытудың басым бағыттары бойынша бөлу, сондай-ақ ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыруды қаржыландыру көлемдерін айқындау;
- 6) бағдарламалық-нысаналы қаржыландыру үшін ғылыми-техникалық тапсырмаларды айқындау;
- 7) іргелі ғылыми зерттеулерді жүзеге асыратын ұйымдардың тізбесін айқындау;
- 8) Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкес өзге де міндеттер.