Ұлттық ғылыми кеңестердің негізгі міндеттері мыналар болып табылады:
- 1) Жоғары ғылыми-техникалық комиссия айқындаған басымдықтарға сәйкес мамандандырылған ғылыми бағыттарды қалыптастыру;
- 2) ғылыми зерттеулер жүргізу үшін бөлінетін қаржыландыру нысандары мен көлемдерін айқындау;
- 3) мемлекеттік ғылыми-техникалық сараптаманың қорытындыларын ескере отырып, ұсынылып отырған ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламалардың ғылыми жаңалығы мен практикалық маңыздылығын, ғылыми-техникалық деңгейін, перспективалылығын, әзірлену дәрежесін, технологиясының әзірлік деңгейін, олардың арнаулы бағыттарға немесе техникалық тапсырмаларға сәйкестігін, сұралатын қаржыландыру көлемінің экономикалық тұрғыдан негізділігін бағалау;
- 4) Қазақстан Республикасының жаңа ғылыми бағыттардағы қажеттіліктерін бағалау;
- 5) бюджет қаражаты есебінен қаржыландыруға ұсынылатын іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулер бойынша ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламаларды, сондай-ақ ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыру жобаларын конкурстық іріктеуді жүзеге асыру;
- 6) Ұлттық мемлекеттік ғылыми-техникалық сараптама орталығы ұсынатын, ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет, ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыру туралы аралық және қорытынды есептерді, сондай-ақ ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламалардың, ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыру жобаларының іске асырылуын мониторингтеу қорытындыларын қарау, осындай есептер мен мониторингтеу қорытындыларын қарау нәтижелері бойынша шешім қабылдау.