Аквашаруашылықты субсидиялауды, сондай-ақ қарсы міндеттемелерге қол жеткізу мониторингін облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың және астананың жергілікті атқарушы органдары уәкілетті орган бекіткен қағидаларға сәйкес агроөнеркәсіптік кешенді субсидиялаудың мемлекеттік ақпараттық жүйесі арқылы жүзеге асырады.