Осы Заңның міндеттері мыналар болып табылады:
- 1) инвестициялық ахуалды жетілдіру және аквашаруашылық объектілері мен оларды қайта өңдеу өнімдерінің экспорттық әлеуетін дамыту;
- 2) аквашаруашылық субъектілері қызметінің тиімділігін арттыру үшін аквашаруашылық саласында инновациялық және (немесе) индустриялық технологиялар мен процестердің енгізілуін қолдау;
- 3) аквашаруашылық саласында ғылымды дамыту, жұмыскерлерді даярлау және олардың біліктілігін арттыру;
- 4) ішкі нарықты отандық аквашаруашылық өнімімен молықтыру;
- 5) аквашаруашылық саласындағы мемлекеттік ынталандыру;
- 6) "Органикалық өнім өндірісі және айналымы туралы" Қазақстан Республикасының Заңына сәйкес аквашаруашылықтың органикалық өнімі өндірісін дамытуды қамтамасыз ету.