1) аквашаруашылық саласындағы мемлекеттік саясаттың негізгі бағыттарын әзірлейді және олардың жүзеге асырылуын ұйымдастырады;
2) Қазақстан Республикасының Конституциясында, Қазақстан Республикасының заңдарында және Қазақстан Республикасы Президентінің актілерінде жүктелген өзге де функцияларды орындайды.