Жұмылдыру, соғыс жағдайы кезеңінде және соғыс уақытында аумақтық қорғанысқа жалпы басшылықты – Қазақстан Республикасы Қарулы Күштері Жоғарғы Бас қолбасшылығының Ставкасы, тікелей басшылықты – Қазақстан Республикасының Үкіметі, ал аумақтық қорғаныс аймақтарында облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың, астананың қорғаныс кеңестері жүзеге асырады.