Шекара қызметiне тiкелей басшылықты және оны басқаруды Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкес Қазақстан Республикасының Президентi қызметке тағайындайтын және қызметтен босататын Шекара қызметiнiң Директоры жүзеге асырады. Шекара қызметiнiң Директоры Қазақстан Республикасы Ұлттық қауiпсiздiк комитетi Төрағасының орынбасары болып табылады.