Қазақстан Республикасының Мемлекеттiк санитарлық-эпидемиологиялық қызметi Қазақстан Республикасының Бас мемлекеттiк санитарлық дәрiгерi басқаратын және төменгiлерi жоғары тұрғандарына бағынышты органдар мен мекемелердiң бiрыңғай орталықтандырылған жүйесi болып табылады. Мемлекеттiк санитарлық-эпидемиологиялық қызметтiң басқару тәртiбiн Қазақстан Республикасының Министрлер Кабинетi айқындайды. Мемлекеттiк санитарлық-эпидемиологиялық қызмет санитарлық-эпидемиологиялық жағдайға бақылауды және кәсiпорындардың, мекемелердiң, ұйымдардың лауазымды адамдар мен азаматтардың санитарлық ережелер мен мөлшерлi қалыптарды, гигиеналық нормативтердi, санитарлық заңдарды орындауларын қадағалауды жүзеге асырады, санитарлық-эпидемиологиялық жағдайға және халықтың денсаулығына әсер ететiн қолайсыз факторлардан сақтандырады, оларды айқындайды және жою шараларын жасайды. Қазақстан Республикасының Қарулы күштерi мен басқа да әскери құрамаларында санитарлық-эпидемиологиялық салауаттылықты қамтамасыз етудi қадағалауды Қарулы күштер мен сол әскери құрамалар қызметтерi жүзеге асырады. Олардың Мемлекеттiк санитарлық-эпидемиологиялық қызметпен өзара iс-қимылының тәртiбi қолданылып жүрген заңдар мен Қазақстан Республикасының Министрлер Кабинетiнiң нормативтiк құжаттарымен айқындалады.