Орталық мемлекеттiк басқару органдарының жүргiзуiне: мемлекеттiк басқару органдарының санитарлық заңдарды орындауға байланысты қызметiне басшылық жасау және олардың өзара iс-қимылын қамтамасыз ету; санитарлық -эпидемиологиялық салауаттылықты қамтамасыз ету жөнiндегi мемлекеттiк саясатты қалыптастыру, республикалық және аймақтық бағдарламаларды әзiрлеу; Қазақстан Республикасының Заңдары мен басқа да нормативтiк құжаттарының жобаларын жасау; мемлекеттiк шекараны аса қауiптi және басқа да карантиндi жұқпалы аурулардың енiп кетуi мен таралуынан қорғау; Қазақстан Республикасы аумағында жұқпалы аурулар мен адамдар улануының таралуын болдырмауға және жоюға байланысты халықтың тұруы мен шаруашылық қызметтiң айрықша жағдайлары және режимдерiн белгiлеу мен тоқтату; халықтың санитарлық-эпидемиологиялық салауаттылығын қамтамасыз ету саласында халықаралық ынтымақтастықты жүзеге асыру жатады.