Уәкілетті орган мынадай өкілеттіктерді жүзеге асырады:
1) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы мемлекеттік саясатты қалыптастырады және іске асырады;
2) алып тасталды - ҚР 03.07.2013 № 124-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланғанынан кейін күнтізбелік он күн өткен соң қолданысқа енгізіледі);
3) алып тасталды - ҚР 13.06.2013 № 102-V (алғашқы ресми жарияланғанынан кейін күнтізбелік он күн өткен соң қолданысқа енгізіледі) Заңымен.
3-1) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласында облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың, астананың жергілікті атқарушы органдарының қызметін үйлестіруді және әдістемелік басшылық жасауды жүзеге асырады;
4) бонитирлеу жөніндегі нұсқаулықты әзірлейді және бекітеді;
4-1) индекстік бағалау жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
4-2) молекулярлық генетикалық сараптама жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
4-3) мамандандырылған зертханаларға қойылатын біліктілік талаптарын әзірлейді және бекітеді;
4-4) асыл тұқымды тұқымдық жануарларға ұрпағының сапасы бойынша бағалау жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
4-5) асыл тұқымды жануарларға өз өнімділігі бойынша бағалау (сынақтар) жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
4-6) геномдық бағалау жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
4-7) бонитерді (сыныптаушыны), техник-ұрықтандырушыны және эмбриондарды транспланттау (ауыстырып салу) жөніндегі маманды оқыту курстарының үлгілік бағдарламаларын және олардың сағат көлемін әзірлейді және бекітеді;
4-8) бонитердің (сыныптаушының), техник-ұрықтандырушының және эмбриондарды транспланттау (ауыстырып салу) жөніндегі маманның біліктілігін арттыру курстарының үлгілік бағдарламаларын және олардың сағат көлемін әзірлейді және бекітеді;
5) алып тасталды - ҚР 27.11.2015 № 424-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейін алты ай өткен соң қолданысқа енгізіледі;
6) алып тасталды - ҚР 29.09.2014 № 239-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейiн күнтiзбелiк он күн өткен соң қолданысқа енгiзiледi);
7) мал шаруашылығы саласындағы селекциялық жетістіктерді сынақтардан және байқаулардан өткiзу әдістемесін әзірлейді және бекітеді;
7-1) Қазақстан Республикасында пайдалануға ұсынылатын, мал шаруашылығы саласындағы селекциялық жетістіктердің мемлекеттік тізілімін жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
8) алып тасталды - ҚР 29.09.2014 № 239-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейiн күнтiзбелiк он күн өткен соң қолданысқа енгiзiледi);
9) алып тасталды - ҚР 29.09.2014 № 239-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейiн күнтiзбелiк он күн өткен соң қолданысқа енгiзiледi);
10) асыл тұқымды мал шаруашылығы жөніндегі мемлекеттік инспекторлар туралы ережені әзірлейді және бекітеді;
11) асыл тұқымды мал шаруашылығы жөніндегі мемлекеттік инспектор актілерінің нысандарын, оның ішінде әкімшілік құқық бұзушылық туралы хаттаманың нысанын, оларды жасау және беру тәртібін әзірлейді және бекітеді;
12) асыл тұқымдық кітап жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
13) асыл тұқымды жануарлардың республикалық тізілімін жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
13-1) "Рұқсаттар және хабарламалар туралы" Қазақстан Республикасының Заңына сәйкес жеке және заңды тұлғалардан асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы қызметтің басталғаны (тоқтатылғаны) туралы хабарламалар қабылдауды жүзеге асырады;
13-2) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы рұқсаттар мен хабарламалардың мемлекеттік электрондық тізілімін жүргізеді және оған өзгерістер мен толықтырулар енгізеді;
14) экспорттаушы елдердің құзыретті органдары импортталған асыл тұқымдық өнімге (материалға) берген асыл тұқымдық куәлікті немесе оған балама құжатты тану тәртібі туралы ережені әзірлейді және бекітеді;
14-1) алып тасталды - ҚР 27.11.2015 № 424-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейін алты ай өткен соң қолданысқа енгізіледі;
15) алып тасталды - ҚР 29.09.2014 № 239-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейiн күнтiзбелiк он күн өткен соң қолданысқа енгiзiледi);
17) алып тасталды - ҚР 27.11.2015 № 424-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейін алты ай өткен соң қолданысқа енгізіледі;
18) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы әкімшілік деректерді жинауға арналған нысандарды мемлекеттік статистика саласындағы уәкілетті органмен келісу бойынша бекітеді;
19) алып тасталды - ҚР 27.11.2015 № 424-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейін алты ай өткен соң қолданысқа енгізіледі;
20) асыл тұқымды жануарлардың республикалық тізілімін жүргізуді және оны уәкілетті органның интернет-ресурсында жариялауды жүзеге асырады;
21) Қазақстан Республикасында пайдалануға ұсынылатын асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы селекциялық жетістіктердің мемлекеттік тізілімін жүргізеді және басып шығарады;
22) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы селекциялық жетістіктерді сынақтан және байқаудан өткізеді;
23) өткізілетін асыл тұқымды өнімге (материалға) берілетін асыл тұқымдық куәліктер деректерінің дәйектілігіне бақылауды жүзеге асырады;
24) алып тасталды - ҚР 29.09.2014 № 239-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланған күнінен кейiн күнтiзбелiк он күн өткен соң қолданысқа енгiзiледi);
25) селекциялық және асыл тұқымдық жұмыстың ақпарат қорын жүргізу қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
25-1) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласында мемлекеттік қолдаудың бағыттарын айқындайды;
26) мыналарды:
40) асыл тұқымды мал шаруашылығын дамытуды субсидиялау қағидаларын;
41) мал шаруашылығы салалары бойынша асыл тұқымдық өнімді (материалды) есепке алу нысандарын ;
42) асыл тұқымдық өнімнің (материалдың) барлық түрлеріне асыл тұқымдық куәліктердің нысандарын және оларды беру (жою) тәртібін ;
43) асыл тұқымдық өнім (материал) мәртебесін беру (тоқтата тұру, күшін жою) қағидаларын;
44) асыл тұқымды жануардың жеке карточкасының, сондай-ақ селекциялық процеске тартылған ауыл шаруашылығы жануары карточкасының нысаны мен оларды толтыру қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
30) Қазақстан Республикасының асыл тұқымды мал шаруашылығы туралы заңнамасының орындалуына бақылауды жүзеге асырады;
31) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы халықаралық қатынастарда Қазақстан Республикасының атынан өкілдік етеді;
31-1) асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы нормативтік құқықтық актілерді әзірлейді және бекітеді;
32) осы Заңда, Қазақстан Республикасының өзге де заңдарында, Қазақстан Республикасы Президентінің және Қазақстан Республикасы Үкіметінің актілерінде көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асырады.