"Байқоңыр" кешені жалға берілген кезеңде Байқоңыр қаласының аумағында Қазақстан Республикасының мына мемлекеттік органдары жұмыс істейді: сот, прокуратура, Қазақстан Республикасының Қорғаныс және аэроғарыш өнеркәсібі министрлігі Аэроғарыш комитетінің бөлімшесі, "Байқоңыр" кешеніндегі Қазақстан Республикасы Президентінің арнаулы өкілі, Қазақстан Республикасының Қаржы министрлігі Мемлекеттік мүлік және жекешелендіру комитетінің бөлімшесі, Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің бөлімшесі, Қазақстан Республикасының Қаржы министрлігі Мемлекеттік кірістер комитетінің бөлімшесі (кеден ісі саласындағы функцияларды жүзеге асыруға қатысты бөлігінде), Қызылорда облысы Байқоңыр қаласының Қорғаныс істері жөніндегі бөлімі (бұрын болған әскери комиссариаттың функцияларымен), Қазақстан Республикасы ішкі істер органдарының бөлімшесі, Қазақстан Республикасының қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті органының бөлімшесі, Қазақстан Республикасы Әділет министрлігінің бөлімшесі, Қызылорда облысының жергілікті атқарушы органының жердің пайдаланылуы мен қорғалуын бақылау жөніндегі уәкілетті органының өкілі, Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің бөлімшесі, Қазақстан Республикасының Ұлттық қауіпсіздік комитеті Шекара қызметінің бөлімшесі, Қазақстан Республикасы Жоғарғы Сотының жанындағы Соттардың қызметін қамтамасыз ету департаментінің (Қазақстан Республикасы Жоғарғы Соты аппаратының) Қызылорда облысы бойынша Соттар әкімшісінің бөлімшесі, Қазақстан Республикасының Қаржы министрлігі Қазынашылық комитетінің бөлімшесі, Қазақстан Республикасының Ұлттық экономика министрлігі Статистика комитетінің бөлімшесі, Қармақшы аудандық жұмыспен қамту және әлеуметтік бағдарламалар бөлімінің Байқоңырдағы филиалы.