Ведомствоның басшысы Қазақстан Республикасының Өсiмдiктер карантинi жөнiндегi бас мемлекеттiк инспекторы, ал оның орынбасары - Қазақстан Республикасының Өсiмдiктер карантинi жөнiндегi бас мемлекеттiк инспекторының орынбасары болып табылады.