Мемлекеттік құпияларды қорғау органдары өздеріне жүктелген міндеттерге сәйкес және өз құзыреттері шегінде мемлекеттік құпиялар болып табылатын мәліметтердің қорғалуын қамтамасыз етеді. Мемлекеттік органдар мен ұйымдарда мемлекеттік құпиялар болып табылатын мәліметтердің қорғалуын ұйымдастыру үшін жауапкершілік олардың басшыларына жүктеледі. Мемлекеттік органдар мен ұйымдардың басшылары мемлекеттік құпиялар болып табылатын мәліметтер пайдаланылатын жұмыстардың көлеміне қарай міндеттері Қазақстан Республикасының Үкіметі бекітетін нормативтік құқықтық актілерге сәйкес және олар жүргізетін жұмыстардың ерекшеліктерін ескере отырып, аталған басшылар белгілейтін мемлекеттік құпияларды қорғау жөнінде құрылымдық бөлімшелер құрады.