1) Қазақстан Республикасының мемлекеттік құпиялар туралы заңдарының орындалуын қамтамасыз етеді;
3) Қазақстан Республикасының мемлекеттік құпияларын қорғау жөніндегі нұсқаулықты бекітеді;
4) құпияландырылуға тиісті мәліметтердің ведомостволық тізбелерін әзірлеу тәртібін белгілейді;
5) алып тасталды - ҚР 03.07.2013 № 124-V Заңымен (алғашқы ресми жарияланғанынан кейін күнтізбелік он күн өткен соң қолданысқа енгізіледі);
6) мемлекеттік құпияларды қорғау жөніндегі жұмыстарды материалдық-техникалық және қаржылық қамтамасыз ету тәртібін айқындайды;
7) мемлекеттік органдар мен ұйымдарды Қазақстан Республикасының айрықша режимді, режимді және ерекше қорғалатын объектілері санатына жатқызу тәртібін бекітеді, сондай-ақ шетелдіктердің болуы үшін уақытша жабық аумақтардың тізбесін бекітеді;
8) мемлекеттік құпияларды қорғау жөніндегі бөлімшелерді ұйымдастыру, олардың жұмыс істеу және таратылу тәртібін белгілейді;
9) Қазақстан Республикасының мемлекеттік құпиялар болып табылатын мәліметтерді бірлесіп пайдалану мен қорғау туралы үкіметаралық келісімдерін жасайды, халықаралық шарттарының орындалуын қамтамасыз етеді, шет мемлекеттерге және (немесе) халықаралық ұйымдарға мемлекеттік құпиялар мен олардың көздерін беру туралы шешім қабылдайды және оларды беру тәртібін белгілейді;
10) мемлекеттік құпиялар болып табылатын мәліметтерді жария ету немесе жоғалту салдарынан Қазақстан Республикасының ұлттық қауіпсіздігіне немесе мемлекеттік органдар мен ұйымдардың мүдделеріне келтірілген немесе келтірілуі мүмкін зиянның, сондай-ақ мәліметтердің құпияландырылуы салдарынан олардың көздері иесіне келтірілген зиянның мөлшерін айқындау тәртібін белгілейді;
11) Қазақстан Республикасының азаматтарына оларға мемлекеттік құпияларға рұқсат етуге байланысты арнаулы тексеру жүргізу тәртібін бекітеді;
12) өзіне Қазақстан Республикасының Конституциясымен, заңдарымен және Қазақстан Республикасы Президентінің актілерімен жүктелген өзге де функцияларды орындайды.