В целях обеспечения прозрачности деятельности, связанной с управлением Национальным фондом Республики Казахстан, ежегодно проводится аудит.Выбор аудиторской организации осуществляется на конкурсной основе в порядке, определяемом Правительством Республики Казахстан.
Правительство Республики Казахстан обеспечивает организацию проведения ежегодного аудита Национального фонда Республики Казахстан.