Бюджетная программа может подразделяться на подпрограммы, конкретизирующие направления расходования бюджетных средств, нацеленные на достижение цели плана развития государственного органа, плана развития области, города республиканского значения, столицы и (или) конечного результата бюджетной программы.Для бюджетных программ, финансируемых за счет разных источников, бюджетная подпрограмма выделяется для каждого из источников финансирования.
При наличии у бюджетной программы подпрограмм показатели прямого результата отражаются на уровне подпрограмм.