Уплата в бюджет суммы сбора за проезд автотранспортных средств по территории Республики Казахстан производится путем перечисления через банки или организации, осуществляющие отдельные виды банковских операций, либо путем внесения наличными деньгами на контрольно-пропускных пунктах либо в иных специально оборудованных местах уполномоченного государственного органа на основании бланков строгой отчетности по форме, установленной уполномоченным органом.Принятые наличными деньгами суммы сбора за проезд автотранспортных средств по территории Республики Казахстан сдаются уполномоченным государственным органом, осуществляющим руководство в области автомобильного транспорта, в банки или организации, осуществляющие отдельные виды банковских операций, ежедневно, не позднее следующего операционного дня со дня, в который был осуществлен прием денег, для последующего зачисления их в бюджет. В случае, если ежедневные поступления наличных денег составляют менее 10-кратного размера месячного расчетного показателя, установленного законом о республиканском бюджете и действующего на дату уплаты сбора, зачисление денег осуществляется один раз в три операционных дня со дня, в который был осуществлен прием денег.
При уплате физическими лицами суммы сбора за проезд автотранспортных средств по территории Республики Казахстан наличными деньгами на бланках строгой отчетности проставляется бизнес-идентификационный номер уполномоченного государственного органа.