Организационно-техническое обеспечение деятельности Межгосударственной комиссии осуществляется государственным заказчиком от Республики Казахстан и государственным заказчиком от Российской Федерации. Языком проведения заседаний и оформления решений Межгосударственной комиссии является русский язык.