В состав Межгосударственной комиссии входят сопредседатели, заместители сопредседателей, секретари (с каждой из сторон), члены Межгосударственной комиссии. Руководство деятельностью Межгосударственной комиссии осуществляют сопредседатель со стороны Республики Казахстан и сопредседатель со стороны Российской Федерации.