Министерство имеет ведомства:
- 1) республиканское государственное учреждение "Комитет ветеринарного контроля и надзора Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан";
- 2) государственное учреждение "Комитет государственной инспекции в агропромышленном комплексе Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан";
- 3) республиканское государственное учреждение "Комитет по управлению земельными ресурсами Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан".
- 4) республиканское государственное учреждение "Комитет рыбного хозяйства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан".