Министерство имеет ведомства:
- 1) Комитет автомобильных дорог Министерства транспорта Республики Казахстан;
- 2) Комитет автомобильного транспорта и транспортного контроля Министерства транспорта Республики Казахстан;
- 3) Комитет гражданской авиации Министерства транспорта Республики Казахстан;
- 4) Комитет железнодорожного и водного транспорта Министерства транспорта Республики Казахстан.