Использование средств Нацфонда осуществляется только на цели, предусмотренные Бюджетным кодексом. Расходование средств Нацфонда осуществляется в виде гарантированного трансферта, передаваемого из Нацфонда в республиканский бюджет, в виде целевых трансфертов, передаваемых из Нацфонда в республиканский бюджет на цели, определяемые Президентом Республики Казахстан на финансирование критически важных объектов и проектов общестранового значения (далее - целевые трансферты из Нацфонда), в виде выплат целевых требований и покрытие расходов по оплате банковских услуг, связанных с переводами, зачислениями и выплатами целевых требований, а также в виде покрытия расходов, связанных с управлением Нацфондом и проведением ежегодного аудита.