Из 119 особо охраняемых природных территорий страны 38 объектов находятся на территории Южного региона Республики Казахстан, в которых расположены такие уникальные природные комплексы, как: Чарынский каньон, урочища Шымбулак, Бериккара, Большое Алматинское озеро, Кольсайские озера, Поющие Барханы, Чарынская ясеневая лесная дача, ущелья Сайрамсу, Бургулюк и Машат, озера Сусынген и Макпал, каньон реки Аксу и Коксай и другие.