На территории Маркакольского государственного природного заповедника допускаются:
- 1) любительское (спортивное) рыболовство для нужд местного населения, проживающего в охранной зоне данного заповедника, на специально выделенных участках на основании биологического обоснования в соответствии с законодательством Республики Казахстан;
- 2) регулирование численности животных на основании биологического обоснования.