Принципами регулирования отношений в сфере развития агломераций являются:
1) принцип экономической обоснованности: принятие государством экономически обоснованных решений, обеспечивающих благоприятные условия, в том числе стимулирование инициатив для формирования, развития и функционирования агломераций, и инвестиционную привлекательность;
2) принцип согласованности: реализация сбалансированной региональной политики с учетом национальных и местных интересов путем принятия местными исполнительными органами согласованных решений по вопросам развития агломераций;
3) принцип справедливости: соблюдение интересов административно-территориальных единиц, входящих в агломерацию.