Санитарно-эпидемиологический контроль и надзор осуществляется в процессе учебно-боевой деятельности и материально-бытового обеспечения в целях оценки санитарного состояния воинских частей и учреждении Министерства обороны, выявления его причинно-следственных связей с заболеваемостью и показателями здоровья военнослужащих, разработки предложений по проведению профилактических мероприятий и контроля за их выполнением.