Целью противоэпидемических мероприятий в ВС РК является противоэпидемическая защита войск, ориентированная на предупреждение заноса возбудителей в воинские коллективы, недопущение распространения заболеваний, на локализацию и ликвидацию возникших очагов, а также на устранение возможности выноса инфекций за пределы воинских частей (гарнизонов) и заноса их в другие населенные пункты (места дислокации войск).