Действия командиров и начальников всех степеней, а также других должностных лиц по проведению противоэпидемических мероприятий регламентированы Уставом внутренней службы Вооруженных Сил, других войск и воинских формирований Республики Казахстан, утвержденного Указом Президента Республики Казахстан от 5 июля 2007 года № 364, а по специальным вопросам требованиями законодательства Республики Казахстан в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения, а также гигиенических нормативов, технических регламентов, утвержденным уполномоченным органом в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения.