Ведомство и его территориальные подразделения, согласно пункту 9 статьи 18 Закона, согласовывают перечни объектов государственного аудита и объемы бюджетных средств и активов, охватываемые государственным аудитом, а также отрабатывают вопросы проведения совместной, параллельной проверок с органами внешнего государственного аудита.