Антитеррористическая комиссия осуществляет свою деятельность при координации Антитеррористического центра Республики Казахстан, во взаимодействии с территориальными подразделениями центральных государственных органов, органами местного самоуправления, исполнительными органами, финансируемыми из местного бюджета, организациями независимо от формы собственности и общественными объединениями.