Председатель Комиссии осуществляет общее руководство деятельностью Комиссии, дает поручения заместителям, секретарю и членам Комиссии, определяет повестку дня ее заседаний, подписывает служебные документы, рекомендации и заключения Комиссии, участвует в совещаниях, касающихся прав и свобод человека, по согласованию с помощником Президента Республики Казахстан по вопросам внутренней политики и коммуникациям вносит предложения Президенту Республики Казахстан по совершенствованию деятельности Комиссии.