Координацию деятельности государственных органов в рамках реализации программных документов Ассамблеи и планов мероприятий по выполнению решений Ассамблеи и ее Совета, поручений Президента Республики Казахстан, Председателя Ассамблеи, руководства Администрации Президента Республики Казахстан по вопросам межэтнических отношений, укрепления общественного согласия и общенационального единства осуществляет Секретариат.