Органом управления СЭЗ является управляющая компания - юридическое лицо, создаваемое в соответствии с Законом Республики Казахстан "О специальных экономических зонах в Республике Казахстан" в организационно-правовой форме акционерного общества для обеспечения функционирования специальной экономической зоны.