Университет қызметін кешенді, оның ішінде академиялық, тексеру мен бақылауды Өкілетті кеңес тағайындаған және екі Тарап мүшелерінің тең санынан тұратын комиссия жылына бір рет жүзеге асырады. Қазақстан Республикасы мен Түркия Республикасының мемлекеттік органдары құзыреттіліктері бойынша Университетті жоспарлы тексеруді жылына бір рет, ал жоспардан тыс тексеруді Тараптар мемлекеттерінің ұлттық заңнамасында белгіленген тәртіппен жүзеге асыруға құқылы.